השלב השלישי הוא חיטוי וניקוי עמוק ומקצועי לטיפול יסודי בכל בעיות הזיהום, תוך שימוש בטכניקות מתקדמות וחומרים מקצועיים שמסוגלים להתמודד עם מצב של הזנחה קיצונית. התחלה בחיטוי כללי של כל המשטחים: רצפות, קירות, תקרות וכל האביזרים באמצעות חומרי חיטוי תעשייתיים חזקים שמחסלים חידקים, וירוסים ופטריות מסוכנות. עבודה מתמחה על אזורי עובש: שימוש במסירי עובש מקצועיים, קרצוף חזק עם מברשות מתכת, והחדרה עמוקה של החומרים לתוך הנקבוביות כדי לחסל את כל שורשי הבעיה. הטיפול המיוחד בכתמים קיצוניים: שתן של בעלי חיים, נוזלי גוף, או כתמים ישנים שחדרו עמוק למשטחים. שימוש בטכניקות מתקדמות כמו עיבוד אנזימטי, חימום מבוקר, או טיפול כימי ממוקד. ניקוי מעמיק של כל האביזרים: ברזים, מתגי חשמל, ידיות דלתות, וכל חלק שאנשים נוגעים בו, באמצעות חומרי ניקוי מתמחים וכלים מדוייקים. במקביל, הטיפול בבעיות מבניות שנחשפו: רצפות פגומות מלחות, קירות שנזקקו לתיקון, או תקרות שנפגעו מדליפות מים. המטרה היא לא רק לנקות את המה שנראה אלא לטפל בשורשי הבעיות כדי למנוע חזרה של הזיהום בעתיד. זה השלב שקובע את איכות התוצאה הסופית ואת הבטיחות לשימוש עתידי בדירה.